Der Java-Leopard (Panthera pardus melas) ist eine morphologisch verschiedenartige Unterart mit einem sehr eingeschränkten Verbreitungsgebiet. Neuerliche Untersuchungen über den Unterschied in mitochondrialer DNA bestätigen, dass diese Unterart sich auch genetisch von anderen unterscheidet. Bemerkenswert ist außerdem, dass melas die Schwester-Gruppe aller asiatischen Leoparden ist. Im Vergleich zum Java-Leopard unterscheiden sich einige andere Unterarten nicht so eindeutig durch molekulare Daten und Schädelmerkmale.
Im Jahr 2006 wurde der Java-Leopard in der Roten Liste der IUCN als Gefährdet aufgeführt; und seit 2008 als Kritisch Gefährdet. Aufgrund seiner Verschiedenheit würde ein Zuchtprogramm für dieses Taxon einen wesentlich größeren Beitrag zum Erhalt der Vielfalt von Panthera pardus leisten als die gegenwärtig existierenden Zuchtprogramme der vielen nominalen Unterarten, die im Rahmen des Europäischen Erhaltungszuchtprogramms (EEP) und anderen koordinierten Zuchtprogrammen gehalten werden.
Außerhalb indonesischer Zoos gibt es die einzig bekannten reinrassigen Java-Leoparden nur in europäischen Zoos. Im Jahr 1997 lebten in Europa 14 P. p. melas, die zum Aussterben bestimmt waren, und derzeit führt ISIS nur einen männlichen auf. Vor kurzem hat der Berliner Tierpark ein Zuchtpaar aus Indonesien erhalten.
Die indonesischen Zoos von Ragunan, Surabaya und Taman Safari in Bogor halten ebenfalls Java-Leoparden. Zur Zeit leben 17 Java-Leoparden in Taman Safari, 7 männliche und 10 weibliche, die vier Zuchtpaare bilden.
Es ist jedoch möglich, dass wesentlich mehr reinrassige 'schwarze Panther' genannte Java-Leoparden in Zoos leben, da diese Farbvariante besonders häufig in Java vorkommt. Diese schwarzen Leoparden sind meist klein, was für den Java-Leoparden charakteristisch ist. Sicherlich sind sie in Zoos mit anderen Leoparden-Unterarten verpaart worden, aber dennoch ist es durchaus möglich, dass die meisten in Gefangenschaft lebenden Populationen nach wie vor aus reinen melas bestehen. Daher könnten europäische und amerikanische Zoos wesentlich dazu beitragen, die genetische Vielfalt der in Gefangenschaft lebenden Java-Leoparden zu vergrößern.
Durch den unsicheren taxonomischen Status von 'schwarzen Leoparden' in Zoos kann weder die Populationsgröße der in Gefangenschaft lebenden melas noch das Ausmaß der Kreuzung mit anderen Unterarten geschätzt werden. Mithilfe von genetischen Verfahren können reinrassige schwarze Java-Leoparden jedoch identifiziert werden, damit sie den Gründern der melas-Population hinzugefügt werden können.
Koordinierte Zuchtprogramme für den Java-Leoparden würden nicht nur wichtiges genetisches Material bewahren, sondern könnten auch einen ersten Schritt zur Ausdehnung von Maßnahmen in Java darstellen, die einen einzigartigen Leoparden und damit auch indirekt andere endemische Arten schützen. Daher schlagen wir vor, Java-Leoparden als ein zentrales Taxon in europäische und amerikanische Zuchtprogramme aufzunehmen und eng mit asiatischen Sammlungen dieses Taxons zusammen zu arbeiten. Leoparden gehören zu den anpassungsfähigsten Katzen, deren Wieder-Auswilderung als realistische Option in Betracht gezogen werden sollte um ausgerottete Populationen wiederherzustellen, sobald wirksame Schutzmaßnahmen bestehen.